Как рассчитывается себестоимость в отчете
Заходите в конфигуратор, открывайте этот отчет и анализируйте алгоритм.
при формировании документа «Передача на комиссию»
Сомневаюсь, что у вас настроено автоматическое формирование отчета в момент записи документа, но даже если и так, то это ничего не меняет. Документ согласно своим алгоритмам (заходите в конфигуратор, открывайте и анализируйте) пишет движения в регистры, а далее отчет считывает данные из регистров, так как читать из множества разнородных вариантов документов накладно.
Но все, что выше - вода и лишь формально правильный ответ.
Проблема - программа ведет себя неожиданным образом. Причина проблемы - неправильные настройки, неправильная эксплуатация, ошибки в коде. Решение проблемы - это не писать "абстрактные вопросы"! Решение проблемы для специалиста - проанализировать данные и алгоритмы, на основании чего сделать вывод, что все так и должно быть, и дать инструкции по правильной эксплуатации; или обнаружить и исправить корень проблемы. Решение для НЕ-специалиста - обратится к специалисту!