Смотря какой метод использовать для подтверждения.
https://letsencrypt.org/docs/challenge-types/
Если подтверждать методом HTTP-01, то нужен 80 порт обязательно.
Если методом DNS-01 - сервер вообще не нужен, но нужно настроить на NS-сервере, чтобы certbot мог с ним взаимодействовать и вносить записи, а также поискать для certbot плагин для работы с API вашего NS-сервера.
За метод TLS-ALPN-01 не скажу, не пробовал, да и многие веб-серверы его не поддерживают, поддерживает ли ваш - не в курсе.