Завист от того, как реализованы "действия" в каждом окне-игре.
Если дело на windows, то есть шанс, что окно воспримет за клик получение сообщение WM_MOUSEDOWN/WM_MOUSEUP. Тогда можно просто посылать сообщения в каждое окно параллельно отдельной программой.
Но для некоторых игр важно, чтобы окно было активно, а некоторые еще и детектируют кучу всего с мышью и надо именно что эмулировать движение мышью через
mouse_event, например. Но, в этом случае мышь одна на оба окна, поэтому надо, чтобы оба "скрипта" посылали клики централизовано, через какой-то компонент с мьютексом, который бы вы полнял ровно одно действие в единицу времени.
Нажатия на клавиатуру обычно срабатывают просто через посылание сообщений окну, т.ч. тут все легко параллелизуется.
Нужные функции посылания сообщения и клика мышью - это winapi, но у него, по-моему, есть и обертка даже на питоне в модуле win32 и pyautogui.