FTP - протокол очень старый, он ровесник самого тырнета. И он рассчитан на тырнет, в котором нет файрволлов :) Кроме управляюих портов 20-21, нужно еще обеспечить проброс порта данных. Для того, чтобы это работало в ipfilter, например специальные модули подгружаются.
Забей на FTP, используй sftp