Переместить теги <?php ... ?> и <li>...</li>со всем содержимым перед первым </ul>, а второй <nav>...</nav> удалить за ненадобностью.
P.S. Другими словами, содержимое второго тега <ul class=""> ... </ul> поместить перед первым тегом </ul>, а второй тег <nav> ... </nav> удалить со всем содержимым.