/etc бэкапить обязательно
/usr/local/etc - если есть
/opt - если есть, просмотреть, может быть придется
/usr - просмотреть внимательно, могут затесаться какие-нибудь изменения, которые потом пропадут
/var - точно так же, хотя обычно у простого юзера все в хомяке, но это зависит от назначения компа и опыта работы в линухе
Ну и для начала - отмонтировать хомяк, создать другого юзера и попробовать с ним. Возможно проблема где-то в настройках KDE.