GUI-клиенты удобны и ими стоит пользоваться. Но проблема в том, что не всё, что можно сделать в консоли, доступно в графических интерфейсах. Некоторые операции, особенно низкоуровневые, делаются исключительно через терминал и нет никаких причин выдумывать графический интерфейс для них.
Можно ли это сделать через TortoiseGit?
Нет, не получится. Извините, но TortoiseGit один из самых ущербных клиентов, которые я видел. Он не умеет практически ничего. Максимальный функционал реализован в SmartGit и ещё в средах разработки от JetBrains.