Локаль в /usr... вам не поможет.
1251 устарело более чем полностью.
Правильный выход - переводить все на UTF8
По вашему вопросу, как завести все как было - тут неясно как именно переводили все на VDS
Вопросики могут быть связаны с тем, что браузер неправильно детектит кодировку (легко правится)
Или с тем, что в базе данных у вас неправильная кодировка
Или с тем, что в базе данных уже вообще вопросики.
По общим ответам вряд ли подскажут. Нужно либо больше данных, либо заняться переводом на UTF-8, тем более что это не настолько уж сложный вопрос в случае обычных CMS