зависит от среды в которой выполняется скрипт, если это какой-нибудь ВХ, то он вполне может переопределять ваши настройки - проверить можно банальным phpinfo()
что же до самой задачи, то проще разбить её на шаги и создать long controller: допустим нужно спарсить 10к страниц - отправляем запрос к LongController::startAction() который записывает данные в очередь/базу, далее ajax'ом вызываем LongController::stepAction() который выполняет столько шагов сколько успеет (допустим за минуту - значение берется из расчета max_execution_time / 2) и так до тех пор пока метод не вернет сообщение что задача завершена.
Пример реализации для Yii2