Стандартный умный фильтр в каталоге фильтрует только по свойствам товаров.
Соответственно, в товаре добавляете свойство Доставка, отмечаете у него галку Показывать в умном фильтре.
Дальше по крону или создаёте агент и заполняете это свойство в соответствии с Вашей логикой доставок.
https://qna.habr.com/q/1317378?ysclid=lsymytq11f49... - вот подобное обсуждали.
Через доставки и профили зайти проще, потому что при оформлении заказа Битрикс умеет определять какие доставки возможны для данного товара. Поэтому использование той же функции, что в оформлении заказа должно дать такой результат в фильтре, как в заказе.
Через склады и условия будет сложно создать такую же логику, как в доставках и при изменении набора доставок надо будет переписывать снова скрипт.
Поэтому через доставки и профили будет предпочтительное решение.