на одном из проектов тоже такая проблема стала, после обновления, а обратили внимание уже после окончания лицензии, так на крон повесили грубый рефакт(у нас там не было простых товаров вообще)
получаем все такие товары
SELECT t1.ID, t1.TYPE
FROM b_catalog_product t1
left join b_iblock_element t2 on t2.IBLOCK_ID=2 and t1.ID = t2.ID
WHERE t1.TYPE=1
далее меняем им тип
UPDATE b_catalog_product SET TYPE = 3 WHERE ID in (...)