первый сайт стоит на одном айпи с вирусным сайтом, за счет чего был занесен в чс антивируса Criminalip
он то не сам по себе не особо мешает человеку, но гугл и яндекс могут неплохо шмарануть сайт если он есть в таких антивирусах)
===
к тому же гугл уже как пару лет смотрит на общий трафик и выбирает какие страницы добавлять.
Много трафика и мало страниц - добавит все.
Мало трафика и много страниц ? - выберет актуальные сам.
===
Чо делать - индексировать через API
Вот тут можно закинуть немного страниц и посмотреть что это такое,
а вот тут можно посмотреть как реализовать такую схему самому.