1. Передавать имя пользователя в аргументах к программе, но тогда нужно уметь правильно запускать. Т.е. нужен установщик, который ярлык правильно настроит
2. Отправлять вместе с программой файл конфигурации, из которого нужно читать имя пользователя.
3. Скомпилировать с уже встроенным именем.
Для последнего пункта можно сделать оптимизацию - весь проект (с логикой) хранить уже скопилированными, а при поступлении запроса компилировать exe. В него положить имя пользователя и просто скопировать готовые dll, а сам он просто будет прослойкой для самой программы.
Также появилась идея о каком-нибудь шаблонном движке (по типу razor), который в потоковой обработке будет отправлять байты программы и в нужном месте подставит строку имени, но не знаю существует такое решение или нет (скорее нет)