1. Причём тут Linux, он ни когда не увидит ntfs, для этого и существует ntfs-3g.
2. Могла не fs упасть, а файлы винды какие то, вам нужен usb с установочным образом винды, и уже через него проверить fs через chkdsk на системном диске, а потом целостность системы через dism. Собственно уже от этого отталкиваться