Сертификат добавляется в секцию компьютера, а НЕ пользователя. Как обычно, в личные. И не забудьте в корневые добавить сетификат выпустившего CA - иначе связь не устаовится (ну то есть она установится, но винда ее порвет, когда не сможет проверить валидность сертификата)