По итогу получилось решить задачу сделав каждую из координат отдельным массивом вида [[latx, lonx], [latx, lonx]], по сути просто дублируя все значения. Минус только в том, что yandex map не съело такие мультиразмерные координаты для polyline. Пришлось ставить leaflet специально для этих целей. Там такое прокатило.