правильно ли, что на программаторе уже замкнуты контакты?
Нет, неправильно. Нижняя сопля соединяющая GND и U0TX точно не нужна, она тупо не даёт esp32 отвечать по UART. Верхняя сопля соединяет GPIO0 и GND, что нужно для начала прошивки, но на плате программатора и так есть кнопка с той же самой функцией.
Вообще для начала прошивки нужно выполнить сброс (кнопкой RST) и на момент сброса соединить GPIO0 и GND (кнопкой IO0 на программаторе). После такого сброса контроллер можно прошивать.
Я рекомендую убрать обе сопли с программатора и попробовать описанную выше процедуру.