Если вы действительно проставили в настройках проекта кодировку cp1251? а открывает все равно в utf-8, то может быть попробовать сменить дефолтную кодировку файлов для всего NetBeans. Если конечно это не помешает остальным проектам.
Проект был уже на cp1251, я его создаю на Маке с удаленного сервера через SSH указывая кодировку при создании cp1251 затем выкачиваю весь проект, открываю. Все нормально. Пишу текст. Сохраняю. Захожу на сайт и он отображается как UTF-8. Переоткрываю файл в нетбинс и все русские буквы в символах UTF. Переписываю сохраняю… все равно сохраняется и открывается как UTF-8.