Если действительно ОЧЕНЬ большие - то храните в базе данных. В принципе если задача состоит в поиске допуска по диаметру то этого хватит с головой. Задача не сложная, но очень кропотливая.
Если данные или часть закачаны в ОП, и требуют дальнейшей сложной обработки, то в Рython есть вполне работоспособная структура DataFrame из Pandas, куда такие данные такого типа нормально раскладываются. Экспорт-импорт из DataFrame в SQL реализован там-же.
Даже непонятно, о чем тут можно еще рассуждать.
А вот про то, как вы будете из pdf данные вытягивать перед тем, как их погружать в БД - про про это я бы подумал особо, потому как засад на этом пути достаточно много.