конечно же это дубли страниц.
в рекомендациях яндекса сказано простым языком - каждой странице по уникальному урлу.
гет не гет, а адреса у страниц разные, а значит дубли, и скорее всего именно этот фактор в первую очередь оказывает негативное влияние на позиции.
не думаю, что поисковая система сама додумается, разве что ей помогут.
но в первую очередь помочь ей в этом должен специалист занимающийся этим проектом, например воспользоваться тегом rel='canonical', или вовсе закрыть от индексации страницы с гет параметрами (если они не несут никакой пользы и в выдаче они появляться не должны).
