Object - это функция. У любой функции __proto__ ссылается на тот же объект, что и Function.prototype, потому что, условно говоря, каждая функция создана конструктором Function. Под капотом, разумеется.
Function.prototype - это обычный плоский объект, созданный (опять же, условно говоря), конструктором Object. Соответственно, аналогично первому пункту, его __proto__ смотрит на Object.prototype