repo1:
folder1
folder2:
file1
file2
file3
folder3
repo2:
file1
file2
file3
# Клонируем репо в соседний каталог
git clone --no-local . "../repo2" # тут будет новый репозиторий
# Перейдем в новый репо
cd ../repo2
# Оставим в проекте только содержимое подкаталога folder2,
# сделав его новым корнем проекта
git filter-repo --subdirectory-filter "folder2/"