Поделюсь своим опытом.
Я, когда решил переходить на Windows 7, достал из закромов не новый, но достаточно шустрый и сидящий на SATA винт производства Western Digital, объемом в 320 Гб, забил его поверхность нулями через НЕХ-редактор, затем отключил машину, приаттачил его в системник, запустил его, и начал стандартную установку на него системы Windows 7 (x64). Система прекрасно его увидела, создала два раздела, один — объемом в 100 мб. для загрузчика, и второй — все оставшееся место. Т.е. фактически весь диск отдан под операционку. Для хранения файлов, закачки торрентов был взят отдельный винт объемом 2 Тб (гриновая верся Вестерн Диджитала), на котором также был создан один единственный раздел и отдан под хранение файлов.
Считаю подобную конфигурацию наиболее оптимальной, т.к. система занимается своими операциями на своем винте, файловое хранилище лежит на своем винте, и никто никому ничем не мешает.