Если Ваш
application-prod.yml внутри jar файла, запустите его с параметрами
-Dspring.profiles.active=prod
application.properties в любом случае загрузится, но значения из
application-prod.yml его переопределяет
Пример:
java -jar myapp.jar --spring.profiles.active=prod --spring.config.name=application-prod
Если же снаружи лежит конфигурация можно запустить так
java -jar myapp.jar --spring.config.additional-location=file:/etc/myapp/application-prod.properties