например, взломщиками
Например, взломавшими что? Админку Битрикса? Сервер?
Получив доступ к базе, например, можно наплодить админов, не поменяв ни одного файла сайта.
Сам же факт изменения файлов проверяется сверкой с эталоном. Внезапно, у Битрикса даже штатный механизм для этого есть. Но никто не мешает держать собственную копию и тупо сравнивать время от времени, там ядро всего пол-гига говнокода, даже если у вас сверху навалено столько же - это для современного сервера немного.