Можно, используя pendingIntent с разными requestCode. Например:
public static void startProgramNotifications(Context c) {
AlarmManager am;
am = (AlarmManager) c.getSystemService(Context.ALARM_SERVICE);
Intent intent = new Intent(c, TimerReceiver.class); //TimerReceiver - сервис
PendingIntent pendingIntent = PendingIntent.getBroadcast(c, 0, // 0 - requestCode
intent, PendingIntent.FLAG_CANCEL_CURRENT );
am.cancel(pendingIntent); //cancel active intent, optional
am.set(AlarmManager.RTC_WAKEUP, System.currentTimeMillis()+ setNitifTime(), pendingIntent);
}
В сервисе, в методе onReceive, вытаскиваем requestCode и на его основе выполняем необходимый код.