Очень много ситуаций и причин неработоспособности и соответственно методов восстановления.
Не существует простого метода и коротких инструкций сделать это универсально.
Без специалиста на месте, который уже решал много различных проблем на windows, решить что либо без готовых инструментов - нереально. Да и специалист скорее всего будет использовать готовый набор инструментов, которые шире чем озвученный media creation tool.
p.s. Диск восстановления (и вообще механизмы резервного копирования, о которых нужно думать заранее) - это та технология которая максимально приближает методы решения к универсальным.
p.p.s. Со времен winxp и win7 сложилось мнение (и оно продолжает подкрепляться кучей ситуаций) когда переустановить операционную систему с ручным переносом программ и их настроек быстрее и проще чем пытаться понять что же сломалось здесь и как это починить.
И да, переносить установленное приложение без установочной программы, реально только если это приложение простое,.. при наличии же установочной программы это универсально выполнимая задача (но требует ручной анализ и соответственно время), максимум будут проблемы со средствами контроля за лицензиями приложений (каждый придумывает свой паравоз и в общем случае перенести лицензию без ее наличия не получится)