Решил вот таким способом, отцентровав окна по отдельности. В целом удовлетворительно, так как окна открываются не абы где а примерно по центру. Так как первое окно больше, а второе меньше создается ощущение что они связаны и второе открывается внутри первого. Но это не совсем решение так как если изменить настройки открытия первого второе не потянется за ним и не будет открываться внутри.
w = root.winfo_screenwidth()
h = root.winfo_screenheight()
w = w//2 # середина экрана
h = h//2
w = w - 200 # смещение от середины
h = h - 200
root.geometry('400x400+{}+{}'.format(w, h))