если в базе mysql (версия 5.7) часть таблиц в utf8mb4_general_ci, а другая в utf8_general_ci
:facepalm: Это не кодировки! Это COLLATION - набор правил для сравнения строковых значений.
Хотя справедливости ради следует сказать, что возможные COLLATION определяются использованным CHARACTER SET. А для показанных значений они различны - utf8mb4_general_ci указывает на UTF8MB4, а utf8_general_ci на UTF8, который для этой версии СУБД является алиасом UTF8MB3.
Влияет ли это как-то на производительность mysql?
Если выполняется сравнение строковых значений (либо иная обработка таких значений в пределах одного выражения) с указанными CHARSET/COLLATION - несомненно, поскольку перед сравнением как минимум одно из значений должно подвергнуться конвертированию CHARSET, а это ресурсы.
Если нет - то на производительность именно СУБД это влияет слабо. Заметное влияние будет при прогреве кэшей, а также в случае ну очень объёмных таблиц.
Плюс гарантированное преобразование финального набора записей при несовпадении CHARSET поля и клиентского соединения.