Я бы сделал так:
В скрипте с переменной надо сделать эту переменную публичной
public bool flag = false;
В другом скрипте надо получить этот объект тем или иным способом (GameObject.Find, через триггер или по прямой ссылке - зависит от ситуации), и обратиться к его компоненту. Например
GameObject.Find("Bot1").GetComponent<НазваниеСкрипта>().flag = true;
Если что, то вроде Find лучше не юзать после старта, потому что он может не успевать