Вот смотрите, например у вас в
exmple.com/project1/main.css есть ссылка на картинку /bla/bla/bla.jpg. Это значит что у вас ссылка
exmple.com/bla/bla/bla.jpg. Nginx никак не определит, к какому проекту ее отнести. Так что, поставленную задачу средствами nginx не реализовать. Для решения проблемы, можно использовать только относительные ссылки вида bla/bla/bla.jpg.
Либо можно добавлять к ссылкам какой-нибудь get параметр /bla/bla/bla.jpg?project=project1, а в nginx'е при обнаружении параметра делать root /project1, но это тот еще геморрой.
Если же вы хотите чтобы nginx переписывал ссылки перед тем как отдать страницу клиенту (чтобы /bla/bla/bla.jpg заменял на /project1/bla/bla/bla.jpg) , то об этом тоже можно забыть. Нужно будет обучить веб-сервер ccs'у, js'у и html'у... разбираться в коде страниц и автоматом заменять. Это практически нереально.
upd: Безумная мысль... при запросе, nginx'ом парсить строку referer на предмет ^/project1, и в случае успеха дописывать делать реврайт на этот самый project1 :-)