В случае браузеров:
Да. Устанавливай портативные версии и клади профиль рядом.
Можно установить 1 раз и запускать ярлыком, который передаст путь к папке, где будет новый дефолтный профиль - это будет полностью эквивалентно нескольким портативным копиям.
В случае программ и игр вообще - устанавливай портативные версии, если они существуют.
Можно устанавливать в разные профили винды.
В общем случае - программа может засирать систему и не иметь портативных версий - тогда несколько экземпляров можно только при помощи виртуалок/контейнеров/песочниц установить, но не все программы согласятся в таких условиях работать.
Пиши какую конкретно программу и зачем ты хочешь клонировать - тогда будет более предметный разговор