Это же просто утилита, дублирующая настройки биоса насчет оверклокинга.
Вопрос только в том, на кой хрен гнать железо не под игрульки, а под Дебиан.
Я бы перед его установкой скинул биос на настройки по умолчанию.
Кстати, если система доживет до сдохшей батарейки на материнке - это тоже сможет быть причиной потери настроек.