vladislav997, Значит что-то хитрое, надо ковырять. Навскидку предложил бы следующее:
1. Сбросить кэш и рестартануть php-fpm, самое основное с чего следует начать.
2. Внимательно посмотреть логи, может там что натолкнет на мысль.
3. Посмотреть нет ли в кроне процессов, очищающих сессию, ну и по коду поискать такие места.
4. Проверить сколько версий php установлено и не перезаписывается ли где-нибудь php.ini