При отправке писем используется
метод Bitrix\Main\Mail\Event::send
// D7
use Bitrix\Main\Mail\Event;
Event::send(array(
"EVENT_NAME" => "NEW_USER",
"LID" => "s1",
"C_FIELDS" => array(
"EMAIL" => "info@intervolga.ru",
"USER_ID" => 42
),
));
В котором указывается `LID` - это идентификатор сайта.
Возможно, в вашем случае, дело в том, что новый сайт использует компоненты старого, где жестко прописан какой-нибудь `"LID" => "s1"`, как в примере выше.
Если это не так, вам стоит подробнее описать ситуацию, при которой не происходит отправка.