в ЧПУ умного фильтра попадают значения свойств. Можно рассмотреть на примере свойства типа список.
Если списочное значение имеет ID 1, VALUE яблоко, XML_ID apple, то url будет такой /catalog/home/filter/industry-is-apple/apply/
В вашем случае следует сначала сделать так, чтобы свойства по которым выполняется фильтрация имели тип данных список или справочник, а значение xml были без кирилицы.