Если бд копируется просто как "папка с файлами", то да, она может сломаться, если она копируется в "неподходящий момент". Частично от этого можно спастись журналированием, но это не точно.
Чтобы не ломалась надо либо корректно останавливать ее перед копированием, либо использовать встроенные в БД средства репликации или синхронизации.
Важно, чтобы была возможность работать с актуальной БД оффлайн.
Если вы единственный, кто вносит правки в БД, то копирование остановленной БД может быть подходящим вариантом. Если туда пишутся какие-то логи, боты что-то сохраняют, какая-то статистика - только через репликацию.
В какой-то момент может оказаться, что вам проще не изобретать велосипед, а применить какое-то проверенное взрослое решение - код в гите, докер-контейнеры, автоматический деплой, миграции для БД.
Порог входа конечно повыше чем просто забросить папку в дропбокс, но зато эти пункты уже можно вписывать в резюме :)