Последовательно отключите плагины один-за-одним, не удаляя их. И каждый раз смотрите, восстановилась ли работа. Также в папке /wp-content/themes/theme_name посмотрите файл functions.php - нет ли там хуков add_filter() или add_action() - если есть, то не влияют ли они на поведение ссылок.