это я делал когда-то для синхронизации структуры бд.© я
без контроля версий, конечно, но умеет добавлять/изменять таблицы и поля.
в принципе, никто не мешает прикрутить туда логи, бекапы, создание альтеров/диффов в виде отдельных файлов и прочие вкусности, но на момент написания это было не нужно.
удаление таблиц и полей отсутствует намеренно, а не от лени, написано левой задней ногой в лучших традициях пхп-лапши :).
да, я на скорую руку убрал оттуда зависимости, а протестировать сейчас негде, потому мог слегка поломать.
mysqldump -d -u root -p databasename > databasename.sql