Да просто обрежьте картинку перед тем как отдать opencv и все.
Дополню.
Конечно обрезать надо не вручную, а той же самой opencv.
Ок, таблица может быть где угодно, но внешняя рамка-то всегда на своем месте?
Вообще не очень ясно что там у вас за PDF-ки. Если такие как в примере ровненькие и с одинаковыми полями, да рамочкой по ГОСТу, то просто кропайте картинку по этой рамке и все.
Если поля плавают по размерам, то придётся искать границы и кропать по ним.
Самое неудобное - это когда у вас сканы или фото документов, и они чуть под разными углами и искажены. Но в целом задача хоть и усложняется, но остается прежней.
Можно найти вертикальные линии и взять самую длинную из самых левых - это левая граница рамки. С остальными так же.
Обрезайте рамку полностью с небольшим запасом, потом ищите координаты таблицы, пересчитываете их в координаты на необрезанной картинке, добавляете с нужной стороны (в зависимости от того, с какой стороны у вас нашлась таблица) и снова вырезаете из оригинального изображения.
И да, ненужные таблицы, особенно те, которые всегда на своем месте, можно перед поиском таблиц замазать белым прямоугольником с небольшим запасом. Но вырезать искомую таблицу надо по координатам с оригинала, чтобы края были корректными.