Хочу при помощи tar сохранить все конфиги, но метаюсь между выбором директории home и ~/.config
Дык тебе не надо метаться. Тем более что никто не сможет ответить нужен ли тебе home целиком или нет.
Если места достаточно то бэкапть все что можно.
Но проблемы бэкапа только начинаются после того как он сделан. Ты разверни виртуалку и попробуй потом восстановить все конфиги (и приложения!!) с этого бэкапа. Я гарантирую сюрпризы.
Вобщем пробуй сам. Для бэкапа всех поддиректорий с точечками - можно написать скрипт. Но проблема
не в этом на самом деле.