Зачем вам Pull? Делайте
Clone и всё автоматом свяжется.
exists and is not an empty directory
Клонировать мы должны либо в пустой каталог, либо в ещё не существующий.
Если вы этого не понимаете, то вам нужно срочно учить Git. Это важный навык для программиста.
Почитав ваши предыдущие вопросы, мне показалось что вы вообще не понимаете что делаете. Если вы хотите отменить изменения файлов в рабочем каталоге, то ничего заново клонировать не надо. Весь код у вас уже лежит в локальном репозитории. Вам нужно лишь откатить изменения до того состояния, которое в локальном репозитории.
git reset --hard
#### LibGit2Sharp
using (var repo = new Repository("path/to/your/repo"))
{
Commit currentCommit = repo.Head.Tip;
repo.Reset(ResetMode.Hard, currentCommit);
}