Команда configure используют при сборке ПО из исходников, следовательно предварительно надо скачать эти самые исходники.
The build procedure is as with any autotools project:
Download strongSwan:
wget
https://download.strongswan.org/strongswan-x.x.x.t...
Unpack the tarball and navigate into the directory:
tar xjf strongswan-x.x.x.tar.bz2; cd strongswan-x.x.x
Configure strongSwan using the available options:
./configure --prefix=/usr --sysconfdir=/etc --
Build the sources and install the binaries as root:
make
sudo make install