Вы наверное хотите скрыть не сам Pull Request, а код, который виден там.
Но ведь этот код студенты отправляют из своих открытых проектов в ваш открытый проект. Значит код в любом случае виден всем в интернете, причем даже без создания PR.
Единственный способ скрыть код — публиковать его в закрытые проекты.
Пусть студенты создают приватные репозитории и дают вам доступ туда.