Вариант раз: Удалить старую папку и сделать git clone.
Вариант два: Создать новую временную папку и скопировать из неё всё содержимое. Но что делать с самим репозиторием в таком случае - не ясно, как и то, что делать, если файлы есть в обоих папках.
Вариант три: Как сказал
oleg_ods - использовать git pull, чтобы обновить существующий репозиторий
Вариант четыре: Создать новую папку, чтобы её имя не совпадало со старой, и клонировать репозиторий в неё.