На винде микросовтовский компилятор, по ощущениям, лучше. Специально замеры не проводил, все субъективно. Причем не обязательно использовать студию, можете сидеть на том же CLion (или QtCreator) и собирать с помощью cl. Можно поставить вообще только MS Build Tools - туда как раз и входит компилятор без IDE. На счет лицензирования - вопрос интересный. Предоставляют компилятор бесплатно, но могут быть лицензионные ограничения на разработку коммерческого софта.
На линукс gcc или clang.
Разница между компиляторами, конечно, есть. Разные расширения, разная степень поддержки стандартов, особенно свежих. Могут отличаться возможности оптимизации и т.п. Например микрософт никогда не поддерживала стандарты Си и там много чего нет еще с С99. Стандарты С++ они официально поддерживают.
Если вы пишите приложение используя только стандартизованные языковые возможности (без расширений компилятора), то, по идее, не должно быть проблем пересесть на другой компилятор в рамках одной ОС.
Кстати в gcc по умолчанию расширения включены.
Есть и другие компиляторы. Например у интел хороший оптимизирующий компилятор, но он стоит денег.
