Все зависит от того как именно идет работа с базой данных, есть ли поиск по содержимому или база данных используется исключительно как найти json по такому то имени/идентификатору? Просто поиск данных по первичному ключу в базах данных очень быстрый.
Формально поиск данных внутри текстовых полей с json реализован в mysql, индексы строятся, все работает, но запись а точнее обновление индексов будет заметно медленной, и это считается говнокодом...
Проблемы начинаются когда ты хочешь записать данные в базу!
Если сравнивать обслуживание - например полное восстановление базы данных из архивной копии, то работа с файлами на порядок (даже два, есть опыт, это действительно так) быстрее чем запись тех же самых данных в базу данных, даже если отключить все индексы на время восстановления. С другой стороны, когда у тебя миллиарды записей, файловая система тоже становится проблемой, особенно когда сами файлы мелкие.. накладные расходы на файловую систему становятся заметными.
Плюс с файлами можно что то
сколхозить.
Поэтому - прежде чем задавать этот вопрос, нужно понимать характер работы с этим данными, не только чтение но и запись.