IN(1, 2, 4) не плох, если он постоянен. А если он от запроса к запросу меняется. В одном 3 значения к примеру, IN(A, B, C) а потом в следующем 2 значения IN(Z,V) то это разные запросы и оптимизатору надо под каждый такой запрос создавать свой план выполнения. Что может притормаживать выполнение запроса.
По крайней мере меня так учили. Может в современных базах лучше стало с этим. Может это мелочи по сравнению с мировой революцией, потому что запрос у вас на два часа.