К примеру, СУБД Apache CouchDB (NoSQL) умеет сама автоматически реплицировать данные автоматически.
RQlite вроде бы также.
Альтернативно можно при любых изменениях бота, подписавшись на изменения, отправлять событие по SQS и альтернативных протоколам, которые будет слушать другая копия программы и записывать в локальную БД.