Глеб, ты
далеко не первый, кто задает такой вопрос :) И даже не тысяча двадцать четвертый ;)
Порт под FreeBSD - набор инструкций, описывающий для системы задание скачать, собрать и установить некий софт
и все его зависимости, если они отсутствуют в системе. Есть ключи, позволяющие собрать без зависимостей, но тогда работа полученной программы не гарантируется. Если при сборке модифицировались опции - тоже не гарантируется.
Попробуй собрать проблемный порт отдельно. Если ситуация повторится - пиши в специализированный список рассылки (если он еще жив) или непосредственно майнтейнеру порта (адрес есть в портовом makefile)